Lo zio: alla scoperta delle Alpi
Per conoscere le motivazioni dei generi celebrativi linneani, bisogna cercarle in Critica botanica, in cui Linneo, oltre a difendere la legittimità della dedica di generi a studiosi e benfattori della botanica ("la sola gloria per un botanico"), chiarisce i meriti dei dedicatari di numerosi generi. Nel caso di Scheuchzeria lo fa con insolita ampiezza: "Scheuchzeria è una pianta graminiforme e alpina, e deriva [il nome] dalla celebre coppia dei fratelli Scheuchzer, uno dei quali ecceleva nelle graminaceae, l'altro nelle piante alpine".
In effetti i fratelli ​Johann Jakob (1672-1733) e Johann Gaspar Scheuchzer (1684-1738) si distinsero come studiosi innovativi nei due campi indicati da Linneo, entrambi con un ruolo pionieristico. Erano figli di Johann Jakob Scheuchzer (1645-1688), medico cittadino della città di Zurigo, e della moglie Barbara Fäsi; anche il padre è una figura interessante: si formò e laureò a Montpellier e intraprese diversi viaggi nelle Alpi, tra l'altro sul Rigi e sul Pilatus, dove fece rilievi altimetrici e raccolte botaniche. Purtroppo però morì a poco più di quarant'anni. Al momento della sua morte, il ​figlio maggiore e omonimo Johann Jakob era un adolescente di 16 anni, mentre il più piccolo Johann Gaspar era un bimbo di appena 4 anni. 
Probabilmente grazie al sostegno della famiglia materna (il nonno insegnava alla scuola latina, di cui fu anche rettore supplente) Johann Jakob poté completare gli studi e ricevere un'eccellente formazione universitaria. Nel 1692 iniziò gli studi di filosofia all'università di Altdorf presso Norimberga, dove fu introdotto alle tecniche sperimentali da Johann Christoph Sturm, professore di matematica e fondatore del Collegium Curiosum, ispirato al modello della fiorentina Accademia del Cimento.  L'anno successivo si trasferì a Utrecht dove nel 1694 si laureò in medicina. Seguì un secondo soggiorno ad Altdorf e Norimberga, dove completò lo studio della matematica e studiò astronomia con Georg Eimmart. Nel 1695 tornò a Zurigo, dove fu nominato medico dell'orfanatrofio e allo stesso tempo  direttore della biblioteca municipale e della camera d'arte e scienze naturali; divenne anche segretario di una società erudita, il Collegium der Wohlgesinnten, dove teneva anche lezioni di filosofia. Erano incarichi modesti, che tuttavia gli permisero di mantenere se stesso e la famiglia e di dedicarsi alla ricerca. Solo nel 1710 gli fu assegnata la cattedra di matematica al Carolinum di Zurigo, con la promessa di estenderla quanto prima all'insegnamento della fisica. Ma la promozione a professore di fisica arrivò solo nel 1733, insieme alla nomina a primo medico cittadino. Sarebbe morto pochi mesi dopo. 
A una carriera tanto lenta e modesta si contrappone una multiforme e straordinaria attività scientifica. Risale al 1694 il primo dei suoi viaggi scientifici sulle Alpi, nel corso del quale scalò il Rigi, il Pilatus e altre cime, compì misurazioni altimetriche utilizzando un barometro (fu uno dei primi a farlo) e raccolse campioni di piante e minerali. Dal quel momento e fino al 1714, le sue spedizioni avrebbero avuto cadenza quasi annuale. Interessato a tutti gli aspetti dello spazio alpino, compreso quello umano, nel 1699 compilò e inviò alle autorità cantonali un questionario dettagliato per raccogliere informazioni sul paesaggio e le comunità alpine; i risultati però furono deludenti. Nel 1701 pubblicò la sua prima opera scientifica Physica oder Natur-Wissenschaft, un eclettico manuale di filosofia naturale in cui cercò di conciliare la religione con le teorie di Cartesio e Newton. L'anno successivo fu la volta di Ouresiphoítes Helveticus (il "frequentatore di monti elvetico") contenente il resoconto dettagliato di un viaggio nelle Alpi; è la prima parte di Itinera alpina; nel 1708 fu infatti seguito da un secondo volume, pubblicato a Londra e finanziato da diversi soci della Royal Society (inclusi il presidente Newton e Sloane), con illustrazioni di grande impatto visivo; nel 1723, l'edizione definitiva dei suoi itinerari alpini uscì a Leida, in quattro volumi in quarto. Per la botanica è la sua opera più importante perché contiene la descrizone di molte piante alpine, spesso descritte per la prima volta. Fu quest'opera, almeno fino a von Haller, a trasmettere all'Europa l'immagine delle Alpi svizzere, lasciando una traccia riconoscibile ancora nel Guglielmo Tell di Schiller.
Scheuchzer era stato ammesso alla Royal Society nel 1704 e da allora collaborò attivamente alle Philosophical Transactions; era membro anche di altre società scientifiche, tra cui l'Academia naturae curiosorum (la futura Leopoldina) e corrispondeva assiduamente con altri scienziati (i suoi corrispondenti furono circa 800). Scriveva anche sulle riviste da lui stesso fondate Beschreibung der Natur-Geschichten des Schweizerlands e Historischer und politischer Mercurius. La sua vocazione pedagogica è riconoscibile anche in Seltsamer Naturgeschichten des Schweitzer-Lands wochentliche Erzehlung (1706-08) con il quale cercò di avvicinare alla scienza un vasto pubblico, confutando allo stesso tempo le credenze popolari superstiziose. Per diversi anni pubblicò inoltre la rassegna bibliografica Nova literaria Helvetica (1702-15).
L'esplorazione della natura elvetica si tradusse in una serie di opere: Beschreibung der Natur-Geschichten des Schweizerlands (in tre volumi, 1706–1708), Helvetiae historia naturalis oder Naturhistorie des Schweitzerlandes (1716–1718), e in una carta della Svizzera formata da quattro tavole (Nova Helvetiae tabula geographica), rimasta celebre per l'accuratezza e la bellezza delle scene ornamentali, disegnate da Johann Melchior Füssli.
Importanti le sue ricerche sui cristalli e sui fossili, di cui raccolse la maggiore collezione dell'epoca; ne comprese la natura organica ma  li ritenne resti del diluvio universale. Tornò più volte su questa tesi, in particolare nel trattato Piscium querelae et vindiciae (1708), in Herbarium diluvianum (1709), in Lithographia Helvetica (1726) in cui pubblicò tra l'altro un fossile trovato a Öhningen sul lago di Costanza comeHomo diluvii testis ("uomo testimone del diluvio"), ritenendo si trattasse dei resti di un essere umano annegato durante il biblico diluvio. Anche se diversi studiosi espressero dubbi sull'identificazione, a svelarne la vera natura fu infine Cuvier all'inizio dell'Ottocento, il quale dimostrò che si trattava di una salamandra fossile. Nel 1837 lo studioso svizzero Johann Jakob von Tschudi lo battezzò Andrias (ovvero "umanoide") scheuchzeri.
Il culmine dell'opera di Scheuchzer  fu Physica Sacra, in cui interpretò la storia naturale alla luce della Bibbia. In quattro volumi pubblicati contemporaneamente in latino, tedesco e francese tra il 1731 e il 1733, è un commento a 760 versetti biblici (il testo è quello di re Giacomo), ciascuno accompagnato da un'incisione su rame (questa particolarità gli ha guadagnato il soprannome Kupfer-Bibel, ovvero Bibbia di rame) e da un testo che lo illustra alla luce delle conoscenze scientifiche. Ovviamente all'episodio del diluvio sono dedicate diverse tavole, sia per ribadire la propria tesi "diluvista", sia per mostrare i pezzi più pregiati della propria collezione di fossili. La botanica non è dimenticata; ad esempio, per illustrare il versetto del Cantico dei Cantici "il mio amato è per me un grappolo di cipro della vigna di Engaddi", il commento di Scheuchzer si concentra sull'identificazione di "cipro", proponendo diverse interpretazioni e allinenando dotte citazoni di botanici, eruditi e viaggiatori, compreso un ampio passo delle Amoenitates exoticae di Kaempfer su Laurus camphorifera, ovvero Cinnamomum camphora, pur ammettendo che non può trattarsi della pianta citata nella Bibbia.
E' un tipico esempio dell'erudizione ancora di stampo barocco di Johann Jakob Scheuchzer, che tuttavia può essere considerato un precursore dell'Illuminismo per il metodo sperimentale e la vocazione pedagogica. Fondamentale il suo contributo alla nascita della paleobotanica e della paleontologia.

Il padre: la nascita dell'agrostologia
Rimasto orfano nella prima infanzia, Johann Gaspar Scheuchzer ebbe nel fratello maggiore un secondo padre; ancora adolescente lo accompagnò nelle spedizioni sulle Alpi e, prima di intraprendere a sua volta lo studio della medicina, prese parte alle sue attività scientifiche.
Si iscrisse alla facoltà di medicina a Basilea, ma nel 1703 interruppe gli studi per arruolarsi nell'esercito olandese. In Olanda conobbe Luigi Ferdinando Marsigli, lo accompagnò nei suoi viaggi in Svizzera, Paesi Bassi e Inghilterra, e infine si trasferì a Bologna come suo segretario. Forse riprendendo ricerche iniziate in patria, si occupò di rilievi geologici e nel 1705 pubblico per l'accademia fondata da Marsigli un saggio sulla stratificazione delle montagne, in cui introdusse il concetto di corrugamento alpino. Quindi tornò in Svizzera per completare gli studi , conseguendo il titolo di dottore in medicina a Basilea all'inizio del 1706. Tornò poi in Olanda, servendo come medico militare fino al 1710. Dimostrò anche notevole abilità nella progettazione di fortezze, grazie alle ottime competenze matematiche. 
Nel 1708 fu ammesso alla Academia curiosorum e pubblicò Agrostographiae helveticae prodromus, un'anticipazione della sua maggiore opera di botanica, Agrostographia sive Graminum, Juncorum, Cyperorum, Cyperoidum, iisque affinium historia (1719). Entrambe trovarano ottima accoglienza nella comunità scientifica, ma non bastarono ad assicurargli una cattedra; egli, infatti, tra il 1707 e il 1720, tentò più volte invano di ottenere una cattedra a Bologna, Padova, Basilea e Zurigo.
Non conosciamo nei particolari le vicende successive; nel 1724 lo ritroviamo in Svizzera, dove fu nominato cancelliere del distretto di Baden per dieci anni. Solo nel 1733, dopo la morte del fratello, tornò a Zurigo per succergli come protomedico cittadino e professore di fisica al Carolinum. Poté godere di questa posizione di prestigio per appena cinque anni; morì infatti nel 1738 a 51 anni.
Le opere botaniche di Johann Gaspar Scheuchzer sono l'atto di fondazione dell'agrostologia, ovvero della branca della botanica che studia le graminacee, da intendersi nel suo caso in senso lato, visto che si occupò anche di Juncaceae e Cyperaceae (all'epoca, tutte etichettate come "gramina"); sono corredate da illustrazioni di buona qualità: 8 tavole, per un totale di 32 piante a figura intera nel Prodromus e 11 nell'Agrostographia, con particolari importanti per l'identificazione. La medesima accuratezza si trova nelle descrizioni, attente a particolari in precedenza sfuggiti ai botanici, come la ligula, da lui denominata membranula. Estremamente precisa è poi l'indicazione dei luoghi di raccolta. Fu assai stimato da Linneo che lo cita ripetutamente nelle sue opere, adottandone spesso le descrizioni.

I figli
​Veniamo ora ai figli, al plurale perché oltre a Johann Scheuchzer, ovvero Scheuchzer f., tra i botanici di famiglia c'è anche suo cugino Johann Caspar. Cominciamo da lui. Johann Caspar Scheuchzer (1702-1729) era il terzo figlio di Johann Jakob, che come abbiamo visto era in stretto contatto con la Royal Society. Probabilmente su raccomandazione del padre, egli si trasferì a Londra come bibliotecario di Sloane che gli affidò la traduzione di un manoscritto inedito di Kaempfer, che egli aveva acquistato insieme al resto delle collezioni del botanico tedesco. Intitolato Heutiges Japan ("Giappone di oggi") contiene informazioni sulla politica, la società, la geografia fisica e la natura nipponiche. Il risultato fu History of Japan, in due volumi, pubblicati nel 1727. Appena due anni dopo il giovane svizzero morì per cause sconosciute e fu sepolto nel cimitero della chiesa vecchia di Chelsea.
Veniamo infine a Johann Scheuchzer (1738-1815), figlio invece dell'agrostologo Johann Gaspar. Come il padre e lo zio fu medico; si laureò infatti a Leida nel 1760 con la tesi De alimentis farinosis. Nel 1767 collaborò al riallestimento dell'orto botanico di Zurigo; tra il 1787 e il 1794 ne avrebbe assunto la direzione. Negli stessi anni era anche amministratore dell'ex convento di Allerheiligen di Sciaffusa, e dal 1789 al 1795 fu capo bibliotecario della biblioteca cittadina di Zurigo. Dal 1803 esercitò la carica di giudice di pace. Anche se l'International Plant Names Index (IPNI) ne registra il nome d'autore, non gli attribuisce la pubblicazione di alcuna specie.

Una piante delle paludi sempre più rara
Come abbiamo visto nell'introduzione, Linneo dedicò ai fratelli Scheuchzer ​il genere Scheuchzeria perché la sua sola specie, S. palustris, è una pianta alpina e graminiforme; usò il termine gramen, che aveva un significato più esteso dell'attuale graminacee. In effetti oggi è attribuita a una famiglia propria Scheuchzeriaceae, di cui è l'unica rappresentante. Diffusa in un ampio areale circumboreale che si estende dal Nord America all'Europa e all'Asia, cresce però in ambienti molto particolari, le torbiere di sfagno, ed è dunque piuttosto rara e minacciata per la riduzione del suo habitat naturale. In Italia è presente in pochissime stazioni sulle Alpi dalla Lombardia al Friuli. 
E' un'erbacea perenne con un lungo rizoma ramificato e strisciante, fusti eretti, ma nodosi e a lievemente a zig zag, un po' appiattiti con alla base con i resti di guaine delle foglie più vecchie. Le foglie lineari sono erette e rigide e provviste di guaine membranacee pelose all'interno. I fiori, riuniti in brevi racemi terminali di 3-10, sono circondati da brattee; hanno sei segmenti sepaloidi persistenti, giallo verdastri, ovario supero largamente elissoidale, sei stami con lunghi filamenti filiformi. Il frutto è costituito da 1-4 follicoli globoso-ovoidi ciascuno dei quali contiene due semi. Il nome comune italiano è giuncastrello delle torbiere.

Tre generazioni di botanici 
Talvolta, il nome di un autore botanico termina con f., un'abbreviazione che significa filius ovvero "figlio". Il caso emblematico è il nome d'autore L.f. che si riferisce a Carl von Linné junior (1741-1783), ovvero al figlio di Linneo (il cui nome d'autore, il più breve di tutti, è L.). I casi di uso dell'abbreviazione sono almeno una quindicina. Talvolta, padre e figlio condividono anche il nome proprio ed essa è l'unico modo per distinguerne i contributi; oltre al figlio di Linneo, possiamo citare Albrecht von Haller junior (Haller f.), figlio del grande scienziato omomimo, oppure i botanici olandesi Reinier Cornelis Bakhuizen van den Brink padre e figlio (Bakh. e Bakh.f.). Più spesso padre e figlio portano nomi personali diversi, ma l'uso del medesimo nome d'autore seguito dalla abbreviazione f. può essere un modo per affermare la continuità con la figura paterna e rivendicarne l'eredità scientifica. Potrebbe essere il caso dei due Bertoloni Antonio (Bertol.) e Giuseppe (Bertol.f.), dei due Balfour John Hutton (Balf.) e Isaac Bayley (Balf.f.) o ancora dei due Hooker William Jackson (Hook.) e Joseph Dalton  (Hook.f.). Seguire le vicende di queste coppie di padre e figlio può essere dunque un'interessante strada da percorrere per scoprire interessanti personalità della botanica, soprattutto ottocentesca.
Iniziamo da una coppia di omonimi,  i botanici belgi Jean Kickx senior (1775–1831, J.Kickx) e Jean Kickx junior (1803-1864 J.Kickx f.), per i quali la tradizione scientifica familiare e la continuità tra generazioni è particolarmente evidente e coinvolge anche un nipote, Jean Jacques Kickx (1842–1887, J.J.Kickx). Il primo Jean Kickx, figlio di un farmacista di Bruxelles, continuò l'attività paterna, fino a diventare ispettore generale delle farmacie ospedaliere; contemporanemente, appassionato di botanica, incominciò a esplorare la flora dei dintorni della città natale e dopo una quindicina di anni di ricerche nel 1812 pubblicò Flora Bruxellensis, che copriva 823 specie, con le diagnosi riprese da Linneo, un'accurata indicazione dei luoghi di raccolta e la segnalazione del nome fiammingo. La botanica belga era ancora agli esordi e l'opera lo fece conoscere negli ambienti scientifici, aprendogli le porte dell'Accademia delle scienze e lettere, cui fu ammesso nel 1817. Si interessava anche di mineralogia, argomento cui dedicò diverse memorie, e nel 1822 fu incaricato dall'Accademia di esplorare le grotte di Han sur Lesse; nel 1823, alla morte di Adrien Dekin, gli subentrò come insegnante di scienze naturali alla scuola di medicina, per poi assumerne l'insegnamento anche al Museo di scienze e lettere.
Dalla moglie Jeanne-Catherine Van Merstraeten ebbe cinque figli, di cui sopravvisse unicamente il già citato Jean Kickx junior. Come il padre fu botanico e mineralogista, ma al contrario di lui, appartenendo a una generazione successiva, ebbe una formazione accademica, Nel 1830 si laureò in scienze e farmacia a Lovanio. La passione per la botanica gli arrivava dal padre, che spesso accompagnava nelle sue escursioni. Intenzionato a intraprendere la carriera universitaria, prima ancora di conseguire la laurea partecipò a vari concorsi, presentando tra l'altro una memoria sulle piante officinali e tossiche dell'area di Lovanio. Nel 1831, in seguito alla morte del padre, ne vendette la farmacia per concentrasi sulla ricerca e l'insegnamento; gli subentrò infatti come professore di scienze naturali al Museo e alla scuola di medicina. Tra il 1830 e il 1835 pubblicò diverse memorie di botanica e nel 1835 Flore cryptogamique des environs de Louvain. Nel dicembre 1835 fu nominato professore straordinario di botanica all'università di Gand, e professore ordinario dal 1841. Da quel momento poté dedicarsi più ampiamente ai suoi studi sulle crittogame; tra il 1841 e il 1855 pubblicò negli Atti dell'Accademia delle Scienze Recherches pour servir à la JFore cryptogamique des Flandres, articolato in cinque memorie. Costituivano il prologo di un trattato sulla flora crittogamica fiamminga che tuttavia non riuscì a pubblicare. Gand era una città dinamica e intellettualmente vivace, oltre che il principale centro dell'orticoltura belga; Kickx riunì intorno a sè un circolo di amatori e nel 1862 fu tra i fondatori della Société royale de botanique de Belgique, di cui divenne il primo presidente.
Alla sua morte nel 1864, ne avrebbe raccolto il testimone il figlio Jean Jacques. Laureatosi in botanica a Bonn nel 1863, nel 1867 fu nominato professore di botanica all'università di Gand e direttore dell'orto botanico. Lo stesso anno pubblicò l'opera postuma del padre Flore Cryptogamique des Flandres. Pubblicò inoltre diverse memorie di botanica e un lavoro sulla formazione e la divisione delle cellule con il botanico e fisiologo tedesco Eduard Strasburger, Nel 1879, come il padre prima di lui, fu nominato presidente della Société royale de botanique de Belgique e nel 1887 rettore dell'Università.

Il genere Kickxia
Nel 1827 Dumortier pubblicò un primo genere Kickxia (Plantaginaceae), senza indicarne il dedicatario. Ma poiché all'epoca Jean senior era un botanico riconosciuto, mentre Jean junior era ancora uno studente universitario, non c'è dubbio che pensasse al padre. L'anno dopo Blume pubblicò Kixia (Apocynaceae), poi ripubblicato anni dopo con la grafia  corretta e la precisazione "questo genere è stato da me nominato in perpetua memoria di due botanici, a me carissimi e più che degni di questo onore della scienza amabile. Sono J. Kickx, curatore di Flora Bruxellensis, e J. Kickx figlio, professore a Gand e autore di libri utilissimi soprattutto sulle crittogame". Bellissima e ben intenzionata dedica, ma per la regola della priorità il nome di Blume è illegittimo. Dunque l'unico dedicatario di un genere valido rimane il padre. Il figlio si consola con il genere di funghi Kickxella, che dà anche il nome a una famiglia (Kickxellaceae).
Kickxia (Plantaginaceae) è un genere di circa 24 specie di erbacee diffuse dall'Europa all'Asia centrale e all'Himalaya e dalla Macaronesia alla penisola arabica attraverso il Sahara e il Sahel. Quattro sono presenti nella nostra flora: K. elatine, K. cirrhosa, K. commutata, K. spuria; una quinta, K. lanigera, era presente in Sicilia ma ora è considerara estinta. Sono erbacee annuali o perenni, con fusto strisciante, eretto o rampicante, esile e peloso. Pelose sono pure le foglie, alterne, ovate, cordate o sagittate. I fiori, portati su lunghi peduncoli, sono solitari, con corolla bilabiata e un caratteristico sperone nella parte posteriore; possono essere bianchi, gialli o viola. Il frutto è una capsula sferica che contiene molti piccoli semi.
L'habitat tipico sono i terreni incolti, i bordi dei campi, i campi abbandonati, e spesso sono considerate infestanti. Le due specie più comuni, K. elatine e K. spuria, di origine euro-mediterranea, sono state introdotte come infestatanti dei coltivi in altre aree, dalle Americhe al Sudafrica, alle isole Britanniche al Nord Europa.

Un parroco naturalista... e inventore
Il 5 settembre 1786 un viaggiatore visitò il Schäfferianum Museum di Ratisbona e ne incontrò il creatore, il teologo Jacob Christian Schäffer; sul libro degli ospiti si firmò "Johann Philip Moeller di Lipsia". In realtà era Johann Wolfgang von Goethe che, sulla strada per l'Italia, preferiva viaggiare in incognito. Che avesse deciso di dedicare qualche ora a quel gabinetto di curiosità ci dice molto, da una parte, sui variegati interessi scientifici del poeta tedesco, dall'altro sulla rinomanza del museo di Schäffer, nel quale egli avrà forse trovato un animo affine. Tanto Goethe quanto Schäffer erano umanisti con una forte propensione per le scienze naturali, o meglio geniali naturalisti dilettanti interessati ad ogni aspetto della natura. Ebbero almeno un terreno di ricerca in comune: entrambi si occuparono di teoria dei colori, Schäffer con il più pratico Entwurf einer allgemeinen Farbenverein (Abbozzo di un'associazione generale dei colori, 1769), Goethe con il più teoriico Zur Farbenlehre (Sulla teoria dei colori, 1810).
Jacob Christian Schäffer (1718-1790) era nato a Querfurt in Sassonia, figlio di un arcidiacono locale. Nel 1728 la morte del padre lasciò la vedova e sei figli in gravi difficoltà; il ragazzo poté tuttavia continuare gli studi e quindicenne si iscrisse alla facoltà di teologia dell'università di Halle. Doveva però stringere la cinghia e accontentarsi di ciò che passava la mensa dell'orfanatrofio. Più tardi il suo zelo e la sua intelligenza furono notati da uno dei docenti che lo accolse in casa sua e gli permise di tenere alcune lezioni; infine gli trovò un posto come precettore presso la famiglia di un mercante di Ratisbona, dove   Schäffer arrivò ventenne nel 1738 "vestito in modo misero, magro e miserabile d'aspetto". Vi avrebbe trascorso tutta la vita, percorrendo una fortuna carriera di insegnante, teologo ed ecclesiastico. Dapprima pastore di una parrocchia, abile predicatore, nel 1760 ottenne un dottorato dall'Università di Wittenberg, seguito nel 1763 dal dottorato in teologia dall'università di Tubinga. Nel 1779 divenne decano dei pastori luterani di Ratisbona.
Contemporanemente, iniziò a interessarsi di scienze naturali e a creare un gabinetto di curiosità. La spinta iniziale forse venne del fratello minore Johan Gottlieb, che divenne farmacista e si trasferì ugualmente a Ratisbona, e fu incoraggiata dal cognato Emanuel Theophilus Harrer, che a sua volta aveva accumulato un vasto gabinetto di curiosità. Schäffer si accostò dapprima allo studio degli insetti, stimolato, come spesso gli sarebbe successo anche in futuro, da un problema concreto: essendo tornato per una visita a Querfurt,fu colpito dalla devastazione dei giardini locali provocata da un'invasione di Lymantria dispar. Ne nacque così il suo primo scritto, pubblicato nel 1752, in cui descrisse gli effetti del flagello e suggerì metodi per eradicarlo. Incominciò a raccogliere insetti e a studiarne la muta; per farlo, imparò ad utilizzare il microscopio, che applicò allo studio anche di altri animali, come i polipi d'acqua dolce, i granchi e le lumache. 
Agli insetti dedicò mumerosi articoli o opuscoli e le sue opere più importanti: Abhandlungen von Insekten (Trattati sugli insetti, 1764), Elementa entomologica (1766), Icones insectorum circa Ratisbonam indigenorum (1777), con oltre 3000 illustrazioni raccolte in 280 tavole a colori. Desiderava che i colori riproducessero fedelmente quelli naturali; ciò lo spinse a fare molti esperimenti e a scrivere il già citato testo sui colori. Si dedicò con entusiasmo anche ad altri animali: i pesci, al cui riconoscimento dedicò un manuale, e soprattutto gli uccelli, con due notevoli opere, Elementa ornithologica (1774), e Museum ornithologicum, in cui descrisse gli uccelli del suo museo; entrambe sono illustrati, con rispettivamente 70 e 72 tavole di eccellente fattura. Per preparare gli esemplari del suo museo perfezionò i metodi di conservazione, con tecniche di sua invenzione che, come vedremo, attirarono l'attenzione di Linneo.
Fu l'interesse per gli insetti ad accostarlo alla botanica: riteneva infatti che per studiarli correttamente fosse necessario approfondire la conoscenza delle piante di cui si cibano.  Alle piante tuttavia dedicò solo una della sue numerosissime opere, Erleichterte Arzneykräuterwissenschaft (Scienza erboristica facilitata, 1770), un manuale pratico sulle erbe medicinali dedicato a farmacisti e dilettanti. Più importante il suo contributo alla micologia, alla quale tra il 1762 e il 1764 dedicò quattro volumi riccamente illustrati,Natürlich ausgemahlten Abbildungen baierischer und pfälzischer Schwämme (Immagini dipinte naturalmente di spugnole bavaresi e palatine), considerati assai avanzati per il suo tempo,
L'instacabile pastore scrisse dedicine di articoli e opuscoli su altri argomenti, da un parassitadel fegato delle pecore alla confutazione della credenza allora diffusa che la carie fosse provocata da minuscoli vermi. Oltre che sui colori, condusse esperimenti sui prismi ottici e l'elettricità. Dotato di notevole manualità, molava da sè stesso le lenti, costruiva prismi e miscroscopi che ottennero un buon successo commerciale e creò con le proprie mani le teche e gli stipi del suo gabinetto Gli si devono numerose invenzioni: una segatrice, una caldaia a risparmio energetico e una macchina elettrostatica, ma soprattutto la primissima lavatrice, che nacque indirettamente dalle sue ricerche sulla fabbricazione della carta, di cui parleremo meglio tra poco. Nel 1766, mentre cercava informazioni sulle vasche per la pasta di carta, si imbattè nella descrizione della cosiddetta Yorkshire Maiden, un mastello di legno con coperchio riempita di acqua calda e lisciva, dove il bucato veniva mescolato e strizzato a mano. Schäffer perfezionò l'aggeggio inserendo un meccanismo, da lui detto agitatore, che tramite una manovella poteva essere ruotato in senso orario o antiorario. Ne pubblicò il progetto nel 1767, ma non sappiamo se venne mai effettivamente realizzato. Nel 2018, in occasione del bicentenario della sua nascita, nella sua città natale ne è stato costuiro ed esposto un esemplare.
I suoi esperimenti sulla fabbricazione della carta furono molto più articolati ed altrettanto pionieristici. La crescente produzione di libri a stampa rendeva urgente il problema di trovare materiali cartari diversi dagli stracci. Schäffer, dopo aver appreso i rudimenti del mestiere da un apprendista cartaio, creò una piccola cartiera e sperimentò i materiali più diversi, iniziando dai piumini degli eriofori e dei pioppi; provò steli di ortica, cardo, bardana, mais, canne, e altre piante, foglie di fagiolo, tulipano, castagno, tiglio e noce, pula di salice, viticci di vite, luppolo e fagiolo, senza dimenticare muschi, licheni e alghe. A intrigarlo più di ogni altra cosa erano i nidi che le vespe cartonaie (Polistes) creano a partire dal legname; provò così a creare carta partendo da segatura e trucioli di varie essenze legnose; riuscì a creare fogli di carta, ma erano troppo fragili. L'intiuzione però era corretta; il problema venne risolto solo nel 1841 quando Keller inventò la macchina per spappolare il legno che aprì la strada alla fabbricazione della pasta di legno, oggi il materale cartario di gran lunga più usato.
Al poliedrico parroco di Ratisbona non mancarono i riconoscimenti. Il suo museo, come abbiamo visto all'inizio, era notissimo e attirava visitatori da tutta l'Europa; diversi sovrani, tra cui il re di Danimarca che lo nominò suo consigliere, il re di Svezia Gustavo III, l'imperatrice Maria Teresa e suo figlio Giuseppe II,  la zarina Caterina II, lo onorarono con doni preziosi e sostennero la pubblicazione delle sue opere. Fu membro di innumerevoli società scientifiche, inclusa la Royal Society che lo accolse nel 1764. Corrispondeva con Réaumur, cui inviò esemplari della rara mosca Clitellaria ephippium, e con Linneo, con il quale scambiò numerose lettere tra il 1753 e il 1768. Ce ne rimangono 27 da parte di Schäffer e una sola da parte di Linneo, in cui si scusa di non aver risposto prima a causa di una malattia e gli annuncia l'elezione all'Accademia delle Scienze di Uppsala. Oltre as alcuni dei suoi libri, Schäffer inviò a Linneo esemplari di pesci e uccelli, che egli aveva preparato secondo un procedimento di sua invenzione con l'impiego di calce che intrigò moltissimo lo svedese. 
Schäffer morì nel 1790; dopo la sua morte il suo museo forse passò ai canonici agostiniani e venne trasferito a Passau, ma dopo il 1800 se ne perdono le tracce. 

Arbusti americani
Fu von Jacquin a dedicare a Schäffer ​il genere Schaefferia, a partire da una specie da lui raccolta nelle Antille, purtroppo senza esplicitare la motivazione. Appartenente alla famiglia Celastraceae, oggi comprende una quindicina di specie diffuse nell'America tropicale e subtropicale, dal Texas all'Argentina. Sono arbusti o occasionalmente piccoli alberi, solitamente assai cespugliosi; hanno foglie coriacee, alternate o fascicolate, fiori unisessuli per aborto (sono dunque dioici) raccolti all'ascella fogliare; quelli femminili sono seguiti da drupe con due loculi, ciascuno dei quali contiene un seme privo di arillo.
La specie di maggiore diffusione è Schaefferia frutescens, presente dalla Florida meridionale al Venezuela attraverso i Caraibi. E' soltamente un arbusto con molti fusti, più raramente un piccolo albero alto fino a 4 metri, sempreverde, con piccole foglie coriacee verde-giallastro, corteccia grigia, piccoli fiori da biancastri a verde chiaro, frutti da arancio a rossi. Il legname, giallo e di grana fine, è stato usato in passato come sostituto del bosso, da cui il nome comune Florida-boxwood, "bosso della Florida".
Negli Stati Uniti è presente anche un'altra specie, S. cuneifolia, diffusa in ambienti aridi (chaparral e pendici collinari rocciose) dal Texas al Messico settentrionale. Alquanto spinescente, ha rami con corteccia chiara e piccole foglie sempreverdi con lamina da obovata-cuneata a oblanceolata; i minuscoli fiori sono seguiti da drupe da arancio a rosso brillante. Ha radici profonde che le permettono di vivere in condizioni di aridità estrema; per questa ragione viene talvolta utilizzata per progetti di stabilizzazone del suolo.